Inhoud

De sessies labo bioinformatica hebben als doel de student de basis computationele technieken bij te brengen voor de analyse van nucleïnezuur- en eiwitsequenties.
De student leert het belang van bioinformatica in het biomedisch laboratorium aan de hand van online beschikbare bioinformatica tools.

•  Wat is bioinformatica?
•  Biologische databanken.
•  Paarsgewijze sequentie-alignering. Homologie.
•  Opzoeken van homologe sequenties in databanken. BLAST, FASTA.
•  Primer design.
•  Vector design en in silico clonering.
 

Studiemateriaal

https://studiemateriaal.odisee.be/publiek/OlaFiche.aspx?OID=23029

Toelichting onderwijstaal

Naast Nederlands is ook Engels belangrijk voor verschillende aspecten van labo bioinformatica. De te gebruiken software is Engelstalig en er wordt gebruik gemaakt van Engelstalig cursusmateriaal.

Toelichting werkvorm

Labo bioinformatica is opgedeeld in 6 sessies bioinformatica (practica in een PC-lokaal) van 2u. De planning wordt meegedeeld via Toledo.
Tijdens de sessies labo bioinformatica worden aan de hand van oefeningen en opdrachten de theoretische principes verduidelijkt en worden praktische vaardigheden van het ‘dry lab’ ingeoefend.
Oefeningen en opdrachten worden toegelicht tijdens de sessies bioinformatica.

Inhoud

In labo biotechnologie II worden heel wat biotechnologische technieken geïntegreerd toegepast bij het kloneren van een probe fragment dat gebruikt wordt in een Southern blot analyse. Ook het geïntegreerd toepassen van enkele basistechnieken voor eiwitanalyse komt aan bod in een Western blot analyse.

Kloneren: restrictie-analyse; preparatieve agarosegel elektroforese; zuiveren van DNA fragment uit gel; DNA concentratiebepaling via fluorometrie, spectrofotometrie en agarosegel elektroforese; ligatie; bereiden van competente E. coli en transformatie; selectie van recombinante klonen via kolonie PCR, plasmide isolatie, …
Southern blot analyse: restrictie van genomisch DNA en agarosegel elektroforese, capillaire blotting, bereiden van een gelabelde probe, probe hybridisatie, detectie gelabeld DNA (immunodetectie)
Western blot analyse: eiwitextractie, eiwitconcentratiebepaling volgens Bradford, SDS-PAGE, “semi-dry” blotting en immunodetectie

Studiemateriaal

https://studiemateriaal.odisee.be/publiek/OlaFiche.aspx?OID=23030

Elke student dient tijdens de labosessies Labo biotechnologie II te beschikken over een eigen afgedrukte versie van de labocursus (Labo biotechnologie II).
Ook de cursus "Goed voorbereid voor het labo" is verplicht studiemateriaal. 

Toelichting onderwijstaal

Naast Nederlands is ook Engels belangrijk voor verschillende aspecten van labo biotechnologie II.
Er zal gebruik gemaakt worden van Engelstalige protocols. Bij opdrachten zal gebruik gemaakt moeten worden van Engelstalige wetenschappelijke literatuur en ook rapporteren gebeurt niet alleen in het Nederlands, maar ook in het Engels.

Als simulatie kunnen sommige labo-activiteiten in het Engels doorgaan waarbij de student wordt aangemoedigd om in het Engels met elkaar en de docent te communiceren. 

Toelichting werkvorm

Labo biotechnologie II bestaat uit 51 CU in semester 1 en is opgedeeld in 11 labosessies (practica in het laboratorium) van 4,5u en enkele bijkomende kortere evaluatiemomenten. De planning wordt meegedeeld via Toledo.

Tijdens de practica in het labo worden praktische labo-oefeningen aangevuld met labo-vaardigheden en opdrachten die het experimentele onderbouwen.
Labosessies dienen grondig te worden voorbereid zoals aangegeven in de cursus en op de digitale leeromgeving. Opdrachten zullen toegelicht worden tijdens de labosessies. De details hierbij zijn ook steeds via Toledo raadpleegbaar.